Além de sua importância, existem grandes desafios metodológicos para se implantar uma rede de parcelas permanentes na Amazônia, como a definição dos seguintes aspectos: (i) metodologia empregada para selecionar tipos florestais; (ii) método para determinar o número mínimo de parcelas permanentes em cada tipo florestal; (iii) variáveis que devem ser coletadas; (iv) estabelecimento de uma metodologia comum para coleta de dados; (v) disponibilização de informações em formato adequado e acesso para diferentes usuários.
O trabalho em rede visa estabelecer intercâmbio entre instituições que já trabalham com o tema monitoramento da floresta, incentivar a padronização de procedimentos e servir de espaço para discussão científica sobre o tema.